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如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路
1、如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路 代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。
2、代谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。
3、登陆http：// 输入你要找的氨基酸名称，例如找丙氨酸就输入alanine，单击go。搜代谢途径的话可以在Search后选择KEGG PATHWAY。单击map00？？查看代谢途径。
4、快捷查找ID对应的description，知道通路对应的编号是多少。找出某一个/几个通路里的全部基因，用来做单独的下游分析。
5、首先打开KEGG搜索界面，如下图。Search against输入hsa，PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor， fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”。
6、我们可以利用KEGG数据库中的KEGGMapper工具查询多个基因信号通路。根据基因表达差异列表，利用KEGGMapper进行转换。
go分析和kegg分析意义
1、Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。它可以将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，进而预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。
2、go是计算机编程语言。KEGG基因组破译方面的数据库。
3、GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。
kegg数据库可以查阅文献信息吗
kegg是一个综合数据库，它们大致分为系统信息、基因组信息和化学信息和健康信息，进一步可细分为18个主要的数据库。可以通过不同的颜色编码来区分。
如果是说论文查重系统的数据库的话，Turnitin系统是留学生常用的查重系统，其数据库里有国外的学位论文与期刊。
该库通过揭示各种类型文献之间的相互引证关系，不仅可以为科学研究提供新的交流模式，同时也可以作为一种有效的科学管理及评价工具。
目前全球有200多家图书馆、7个图书馆联盟、20多个专业研究所加入了NDLTD，其中20多所成员已提供学位论文文摘数据库7万条，可以链接到的论文全文大约有3万篇。为方便我国用户访问，我国CALIS文献中心引进了部分NDLTD资源。
问题六：搜索引擎或数据库如何查找文献信息 能够上网的电脑一台，并且电脑中安装好PDF格式文件阅读器 外文文献数据库的下载权限 (一般住在高校的学生和教师可以使用本校图书馆拥有的外文文献数据库权限。
目前已经成为中国最大的综合文献数据库。从1989年开始，一直致力于对海量的报刊数据进行科学严谨的研究、分析，采集、加工等深层次开发和推广应用。
如何在KEGG数据库中查找关注pathway
1、首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，点击KEGGPATHWAY。红框标识的是PATHWAY的一级分类，蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。
2、首先打开KEGG搜索界面，如下图。Search against输入hsa，PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor， fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”。
3、登陆http：// 输入你要找的氨基酸名称，例如找丙氨酸就输入alanine，单击go。搜代谢途径的话可以在Search后选择KEGG PATHWAY。单击map00？？查看代谢途径。
4、任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathwayentry， 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
5、代谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。
kegg富集散点图怎么看
1、在图表上点击其他一个散点，按右键，选“数据系列格式”，在出现的对话框中选“数据标志”选项卡，并勾选“Y值”选框，确定后，就会在各散点上出现以Y轴数值标示。
2、3 GO富集分析 加载了注释库之后，读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。
3、单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。
4、如果是要做KEGG的富集分析，clusterProfiler可以搞定： https：//bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html 想看kegg通路图的话，用R包pathview来看，看函数的帮助文档就行。
5、对于模式生物，GO和KEGG富集分析实现起来比较容易，对于非模式生物来说还是需要花点时间和精力。对于模式生物的GO和KEGG富集分析，网上教程案例挺多的。对于非模式生物，以小麦为例，进行下面一些基本的富集分析。
6、GO，KEGG富集是定性的分析，GSEA考虑到了表达或其它度量水平的值的影响。GSEA分析不需要指定阈值（p值或FDR）来筛选差异基因，在没有经验存在的情况下分析我们感兴趣的基因集，而这个基因集不一定是显著差异表达的基因。
